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微生物常用的复合碳源物质分为有机碳源和无机碳源两种。有机碳源包括各种糖类、蛋白质、脂肪、有机酸等。 微生物生长繁殖或积累代谢产物的营养基质。任何培养基中均需含有微生物所必需的能源、碳源、氮源、矿质元素、水和生长因素，但不同营养类型、不同种类的微生物对营养元素的要求又有很大差异。 氮源： 自养微生物以含氮无机物铵盐、硝酸盐等为氮素营养，例如氧化硫杆菌以（NH4）2SO4为氮源；异养微生物以无机物铵盐、硝酸盐或含氮有机物为氮源。自生固氮菌利用空气中的N2为氮素营养，其培养基中无须加入氮源，称为无氮培养基。
糖类是较好的复合碳源,尤其是单糖(葡萄糖,果糖),双糖(蔗糖,麦芽糖,乳糖),绝大多数微生物都能利用.此外,简单的有机酸,氨基酸,醇,醛,酚等含碳化合物也能被许多微生物利用。 所以我们在制作培养基时常加入葡萄糖,蔗糖作为碳源.淀粉,果胶,纤维素等,这些有机物质在细胞内分解代谢提供小分子碳架外,还产生能量供合成代谢需要的能量,所以部分碳源物质既是碳源物质,同时又是能源物质。 在微生物发酵工业中,常根据不同微生物的需要,利用各种农副产品如玉米粉,米糠,麦麸,马铃薯,甘薯以及各种野生植物的淀粉,作为微生物生产廉价的碳源.这类碳源往往包含了几种营养要素。
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